کل فرایند مشاوره در مجموعه ایشون، زیر نظر خود دکتر یعقوبی انجام میشه. در ابتدا هر فرد با توجه به خواسته‌ها و توانمندی‌هاش گزینش میشه و بعد به سمت مشاور مخصوص خودش ارجاع داده میشه. مشاورها با بررسی دقیق کارنامه و بررسی علاقه‌مندی‌ها و توانایی‌هات، امکان پذیرشت در دانشگاه‌ها و رشته‌های مختلف رو تخمین میزنن. پس از بررسی‌های مشاور، چیدمان اولیه انتخاب رشته بر اساس اولویت‌های خودت تهیه و برات ارسال میشه. این فرآیند بارها تکرار میشه تا زمانی که به تایید نهاییت برسه. در آخر خود دکتر یعقوبی هم چیدمان‌ها رو مورد بررسی قرار میدن و در نهایت تایید میشه.

همچنین در فرایند انتخاب رشته دکتر سید محمد یعقوبی، تست‌های هوش هشت‌گانه از هر داوطلب گرفته میشه تا جلوی هر خطای احتمالی در انتخاب رشته گرفته بشه.